Eddie
Um pequeno robô parceiro de Mega Man. Ele é capaz de fornecê-lo ocasionalmente tanques de energia para se recuperar durante os combates. Ao contrário dos jogos nesta série ele é verde em vez de vermelho.
Met/Doc
No primeiro episódio um Met (inimigo recorrente dos jogos) aparece como assistente do Dr. Light durante o flashback mostrando o nascimento de Mega Man e Roll.
Ele não está equipado com uma arma como no jogo e sua única característica é um braço de pinça flexível, que ele usa para produzir uma variedade de itens, sugerindo que ele era outro assistente de laboratório e um protótipo para Eddie.
Robot Masters
Vários deles são dos primeiros cinco jogos clássicos do Mega Man, aparecendo ao longo da série, incluindo Snake Man, de Mega Man 3, Elec Man do Mega Man original e Pharaoh Man, de Mega Man 4. Alguns aparecem mais frequentemente do que outros, por exemplo Snake Man aparece em cinco episódios, enquanto Pharaoh Man aparece apenas no segundo episódio e Napalm Man só aparece na introdução.
Curiosamente, nenhum dos Robot Masters do Mega Man 6 fez aparições mesmo que o primeiro episódio do desenho tenha ido ao ar um ano após o lançamento do jogo. A maioria dos Robot Masters são dublados pelo elenco principal do show, particularmente Terry Klassen, Garry Chalk, Jim Byrnes e Ian James Corlett. As exceções notáveis são Richard Newman (Wood Man) e Tony Sampson (Gemini Man). Um rumor comum sugere que os Robot Masters que aparecem no episódio "Cold Steel" (Spark Man, Gemini Man e Gyro Man) são dublados por membros do Sugar Ray, Mark McGrath, Craig Bullock, e Charles Stan Frazier, respectivamente.
Prefeito
Aparecendo em uma série de episódios, o prefeito muitas vezes vai para Mega Man, quando uma crise envolvendo Wily está ameaçando Nova York. Apesar de sua incapacidade de parar Wily, o prefeito bate o pé durante o terremoto criado pelo Dr. Biruta, se recusando a entregar o controle da cidade, apesar das ameaças de Wily, seu óbvio medo dele, e Mega Man estar fora de serviço.
Ele reaparece em "Campus Commandos", dublado por Scott McNeil. Ele é visto novamente (embora com uma aparência diferente) no episódio "Mega Dreams", dublado por Jim Byrnes. Em dois episódios pós temporada, "Crime of the Century", um novo prefeito é introduzido. Apesar da notável mudança física, o antigo prefeito tinha um tamanho padrão, era branco e de bigode, já o novo era um homem negro grande. Garry Chalk também lhe deu a mesma voz. Os personagens do prefeito não apareceram em nenhum jogo de vídeo e foram feitos para o show.
Batontons
A versão animada dos inimigos Bomb Bat introduzida em Mega Man 2. Eles também são referidos como Wily's Spy Bats. Eles são mais freqüentemente usados para missões de espionagem, embora eles também possuam a capacidade de atacar usando projéteis de iluminação.
Bree Ricotta
Uma repórter de notícias recorrente, aparecendo mais proeminente no episódio "Mega-Pinnochio". Seu nome é uma referência ao brie e ricota, que são ambos tipos de queijo. Ela não apareceu em nenhum jogo, e foi feita para o show.
Mega Man X
O personagem principal da série Mega Man X, ele faz uma aparição no mesmo episódio de Vile e Spark Mandrill, perseguindo-os através do tempo para impedi-los de levar Lightanium de volta ao seu próprio tempo para ajudar Sigma a financiar suas guerras contra humanos. Como Mega Man, X tem a capacidade de copiar armas de inimigos tocando-as, como ele é visto copiando a arma do Snake Man, para destruir o canhão de plasma do Dr. Wily. Ao contrário de Mega Man, X parece ser capaz de copiar uma arma várias vezes - Mega Man só pode usar uma arma copiada uma vez (como ele só copia uma vez), enquanto X foi visto copiando e usando a arma de Snake Man três vezes.
Vile
Um Reploid de batalha e Maverick Warrior enviado do futuro para obter os bastões de energia Lightanium no episódio "Mega X". Ele e seu parceiro Spark Mandrill estão esperando para distribuir os bastões para seu mestre Sigma, que é o líder dos Mavericks, planejando usá-los para financiar sua guerra contra os seres humanos em seu tempo. Vile entrou em uma aliança com Wily depois de saber que o mesmo se apoderou dos esquemas da usina que contém os bastões.
Como compensa por Wily ter ajudado a obter os bastões, Vile permite que ele obtenha alguns dos bastões para ligar sua nova arma que pode aniquilar qualquer coisa em seu caminho. No entanto, os dois são frustrados por Mega Man e Mega Man X, fazendo Wily e seus capangas escaparem após a arma ser destruída, enquanto Mega Man X arrasta Vile e Mandrill Spark de volta ao seu tempo.
Spark Mandrill
Um Reploid e Maverick Warrior que apareceu em "Mega X". Ele é o parceiro de Vile, o apoiando para obter os bastões de Lightanium para financiar a guerra do Sigma contra os humanos no futuro. Ele é derrotado pelo Mega Man X, que o empurrou junto à Vile de volta ao seu tempo.